正本在隆慶以后不知所蹤，下落成謎；副本亦是命運多舛，屢遭劫難。目前，海內外存世僅400余冊，不足原書的4%，令人扼腕嘆息。

這部“合古今而集大成”的皇皇巨著，由于其珍貴的文獻價值和不幸遭遇，為后世留下了諸多故事和待解之謎。

編修緣起、過程及嘉靖重錄副本

明太祖朱元璋喜讀雜書，洪武二十一年（1388年），中書庶吉士解縉上言：“臣見陛下好觀《說苑》《韻府》雜書與所謂《道德》《心經》者，竊謂甚非所宜也。《說苑》出于劉向，溺于妄誕，所取不經。《韻府》出元之陰氏，抄緝穢蕪，略無可采。陛下若喜其便于檢閱，則愿集一二志士儒英，上虄唐虞夏商周孔之華奧，下及關閩濂洛之佳葩，根實精明，隨事類別，勒成一經，上接經史，豈非太平制作之一端也歟？”

明太祖稱善，但由于解縉恃才傲物等原因，修書之事未能啟動。1398年，朱元璋又命侍讀唐愚士等人輯“經史百家之言”為《類要》，然而當年閏五月即駕崩，修纂之事隨之擱淺。

1403年，明成祖朱棣即位后，意圖以文治籠絡人心，于是對解縉等說：“天下古今事物散載諸書，篇帙浩繁，不易檢閱。朕欲悉采各書所載事物類聚之，而統之以韻，庶幾考索之便，如探囊取物。凡書契以來經史子集、百家之書，至于天文、地志、陰陽、醫卜、僧道、六藝之言，備輯為一書，毋厭浩繁。”

解縉等受命召集百余人，組成修書班子，于南京文淵閣設局開纂。永樂二年（1404年）十一月修成進上，賜名《文獻大成》。但朱棣并不滿意，認為收書不夠，尤其是宮廷新入藏的圖書未能收入，于是在永樂三年，又命姚廣孝與解縉等重修，這次延攬四方文儒宿學達二三千人。

永樂五年（1407年）書成，姚廣孝進呈《永樂大典表》，朱棣審閱后甚為滿意，親自撰序，正式定名《永樂大典》。永樂六年冬，清抄工作全部完成，計22937卷，11095冊，大體10冊一函套，分裝1000余函。

《永樂大典》皆用明黃色絲絹包面，開本闊大，極具皇家富貴氣象。紙張采用以桑樹皮和楮樹皮為主要原料的皮紙，“繭素燦如雪”，是書寫的極佳用紙。全書正文用明代官用楷書“臺閣體”抄寫，書法秀麗工整，還配有大量插圖，形象逼真。

《永樂大典》修成后，最初藏于南京文淵閣，永樂十九年（1421年）明成祖遷都北京，大典亦隨之來京，先藏于左順門北廊，后移至文樓。可以說一直深藏于禁中秘府，即使內閣重臣也無權翻閱。而明朝皇帝大多并未直接利用過此書，僅有弘治和嘉靖兩位皇帝真正閱覽過。

嘉靖帝崇信道教，好長生不老之術，案頭常置大典若干冊，便于隨時尋求養生良方。嘉靖三十六年（1557年），紫禁城大火，奉天門、華蓋、謹身三大殿被燒毀，嘉靖帝擔心殃及附近文樓貯藏的大典，一夜之中傳諭三四次下令搬遷至古今通集庫，使大典幸免于火海。

為防不測，嘉靖帝決定重錄一部大典。嘉靖四十一年（1562年）秋，正式任命高拱、瞿景淳負責校理繕寫《永樂大典》副本。重錄工作直到嘉靖去世次年，即隆慶元年（1567年）才大功告成，共耗時5年，嘉靖副本與永樂正本在內容和外觀上別無二致。副本一直收藏于皇史宬，直至清雍正年間開三禮書局，才搬遷至翰林院。