在吳昌德看來，當前，我國關鍵核心技術受制于人的局面沒有得到根本性改變，企業在技術創新中的主體作用沒有充分發揮出來，人才創新活力沒有充分激發出來，各方面的積極性沒有很好形成合力，集中力量辦大事的制度優勢遠沒有充分發揮出來。

他認為，要解決這些問題，首先應加強國家機關層面的力量統籌，解決好部門分割、力量分散、難以很好形成合力的問題。盡快確定關鍵核心技術攻關重大項目，加強整體謀劃、集中組織、統一指揮，充分發揮國家作為重大科技創新組織者的作用，采取“中軍點將”或“揭榜掛帥”方式，集中優勢兵力開展攻關。

“同時，還應加強中央與地方及區域之間的力量統籌，解決好一哄而上、重復建設、發展不平衡的問題。”吳昌德提出，國家重大專項和新產業的立項布局，不能完全按市場規律辦事，還應兼顧效率與公平，與西部大開發、東北振興、中部崛起等發展戰略統籌考慮規劃。對于條塊管理體制的單位，應探索更加暢通高效的科技資源開放共享辦法。要立足服務國家區域發展戰略，優化區域教育、科研資源配置，加快形成點線面結合、東中西呼應的教育、科研發展空間格局，提升教育、科研服務區域發展戰略水平。

吳昌德還建議發揮高校學科齊全、組織有序的優勢，鼓勵他們與企業緊密結合，賦予科研院所更大自主權，注重充分發揮各學科領域帥才型科學家作用，發揮企業在技術創新中的主體作用。加強自主創新與開放合作的力量統籌。“對于被外國制裁的研發高新技術的院校和企業，要給予他們開設新學科及研究院所、開辦企業聯合體等特殊政策，充分釋放創新活力。”吳昌德表示。