早在1912年3月孫中山擔任南京臨時政府大總統時，曾到鐘山(又稱紫金山)游覽，笑著對左右說:“待我他日辭世后，愿向國民乞此抔土，以安置軀殼爾。”他在臨終前，又提出“吾死之后，可葬于南京紫金山，因南京為臨時政府成立之地，所以不可忘辛亥革命也。”因此孫中山的葬禮剛剛結束，林森就馬上前往南京紫金山，勘察具體位置，構想初步方案，準備向宋慶齡、孫科等孫中山家屬提出初步建議。當紫金山墓址選定后，開始了籌建工作。由于當時南京還處在孫傳芳的控制下，“總理葬事籌備委員會”不得不設在上海。

　　隨著北伐軍節節勝利，1927年4月17日，總理葬事籌委會決定從上海遷往南京。9月上旬，林森也結束隱居生活，回到南京投身于中山陵的建設中。林森擔任主持工程工作的常委，并兼任陵園計劃委員會委員，負責陵園的整體規劃工作。為工作方便起見，林森特地在鐘山腳下蓋了一棟茅屋作為別墅，名曰“廷廬”，自稱為“鐘山陵戶”，吃住均在“廷廬”內。他還請福州老朋友林澤人刻制一對“廷廬”和“鐘山陵戶”的壽山石印章以自娛。

　　鑒于中山陵若限于2000畝的狹小范圍難以發展，林森提議:將整個紫金山劃入陵園范圍，統籌規劃，建成一片宏偉的紀念性陵園。在全山植樹造林，陵墓附近培植觀賞性的四季花木，如桂、梅、李、杏、楓、梨等等。

　　中山陵建筑過程中，林森多次來到工地了解工程的進展情況，解決碰到的問題。承包中山陵第一部工程的上海姚新記營廠廠造主姚錫丹，在施工中遇到困難，常常從上海乘夜車趕到南京，第二天清晨謁見林森。二人共進早餐，在餐桌上研究決定處理辦法。中山陵里有些建筑項目，林森親自催辦，始終不懈、極其細致。如中山陵靈堂前的一對華表，軸線上主體建筑物大牌坊、平臺前古銅鼎石座，就是林森親自通過他的一位族侄，向福州著名的蔣源成石刻鋪定做的。尤其是兩座華表，林森要求雕成“醒獅”形象，體現出“頂天立地、繼往開來”的氣概。華表雕刻完畢，由福州運往南京時，林森多次從南京發電到福州，詢問華表的裝運情況，再三叮囑經辦人要特別小心謹慎。經辦人遵照他的囑咐，雇請了16名身強力壯的杠夫，慢步抬運，并選在晚上搬運，以免白天車多人擠而碰損。華表順利運到福州的臺江碼頭，再由碼頭抬上駁船，一路精心照料，終于運到中山陵。1928年底，中山陵主體工程基本建成。1928年10月28日，林森主持“總理葬事籌備委員會”第62次會議，“提議籌備奉安事項”，提出恭迎孫中山靈櫬南下的方案，提請國民黨中央及國民政府批準。11月9日，國民政府發布第51號訓令，特派林森、鄭洪年、吳鐵城為“迎櫬專員”，攜帶美式銅棺前往北京準備迎接孫中山靈櫬南下安葬。

　　林森受命后，即于12月20日啟程北上，23日凌晨1時10分到達北平，雖然是隆冬的深夜，但前來歡迎者途為之塞。林森一行駛赴預定的北魏胡同17號辦事處。上午林森就到西山碧云寺謁靈，讓人當場開棺，親自驗看，反復翔視。見中山先生遺體容顏清潔，衣履新整，完好無恙，林森百感交集，撫今追昔，不禁老淚縱橫，痛哭失聲。

　　謁靈后，林森帶領大家視察寺外周圍道路環境。如橋梁之修補、丘陵之平治、瓦礫之剔除、榛莽之芟夷，都一一進行籌劃，以備日后迎櫬。

　　次日，特派迎櫬專員辦事處在北魏胡同17號部署就緒，正式辦公。辦事處設秘書1人，副官4人，書記2人；又分總務、交通、設置、司儀、糾儀5股，立即開展移靈的各項準備工作。林森等3專員經協商，擬定了迎櫬準備工作的辦事方針:“一、應負責任事；二、辦事須有條理；三、應極力撙節經費”，并以談話會的形式，讓全體職員認真理解、切實貫徹。此外，還有不少同志出于對中山先生的敬仰，志愿前來幫忙。如“湖北印花局長林玉衡同志，自備資斧，先期由鄂來平，助理諸務。”

　　林森從移靈路線的勘察到特制靈車的試行，都深入現場，身體力行；從移靈程序的各個環節到杠夫服飾的顏色、式樣，他都殫精竭慮、籌劃周密，確保萬無一失。他還把籌備工作的計劃預案及時向有關部門及其負責人通報，以征詢意見并請配合與支持。例如，他將“總理靈櫬奉移時期路線、警戒、行列次序約31條”函告當時河北省主席商震。而商震的復函則稱:“恭閱總理靈櫬奉移秩序及送殯行列，均極周備，無可增修之處”，并對迎櫬辦事處的請求一一照辦，對林森他們的工作給予充分肯定和全力支持。

　　迎櫬工作的經費雖然有保障，但林森也決不大手大腳、慷慨花錢。經過實地勘察，林森精確算出在北平靈櫬奉移的路線有48華里，“如擬用汽車奉靈，須將碧云寺至西車站沿途馬路大修，用款甚巨，且為期已迫，必難辦到。今為敬謹護送總理遺體，力求安全妥善起見，決定用杠夫緩步遲行……森等以除汰鋪張陋習，仍不失尊重嚴肅為主旨”。既節省了開支，又有傳統葬禮的嚴肅莊重。孫中山的奉安大典原定是1929年3月12日，后來因故改為6月1日。因此，北京辦事處需延長兩個半月，而辦事處每月開銷約4500元。林森建議讓部分職員暫時撤回南京，“縮小辦事處范圍，每月約可減去2000元”，為國家節省開支。迎櫬辦事處對于“每月經常支出決表項，職員、差弁、公役薪金工資表，奉移用品及陳設靈堂用具各種賬目單據，補貼浮攤收據存根，并北平杠務合同等項，呈繳國民政府查核備案外，相應將各項開支賬目開列表冊，備函送達查照。”北平辦事處的工作，“計5個月零20天，合共支銀47252元7角6分3厘”，收支相抵，“尚存現銀2747元2角3分7厘”。

　　林森對奉安紀念工作還別出心裁，他建議中央政府通飭全國黨政軍學各機關及農工商各團體，并由外交部咨會國際來賓，凡參與葬事典禮人員，務須攜帶其“本國本鄉所產樹秧一、二種，每種2本至4本，統祈送交特設事務所之林務專員匯存。俾得分別種類，限期栽種。其有貴重或珍異名材，尤應加意培植，精心愛護，庶幾蔚成大觀，永留紀念”。這個建議，很快就獲得國民政府的采納并下令施行。

　　國民黨中央利用孫中山奉安大典，開展了聲勢浩大宣傳工作，組織了南下北上兩組迎櫬宣傳列車，沿途每到一站，就停下來宣傳，有的還開迎櫬紀念大會，放映有關孫中山革命活動的影片，演出文藝節目。

　　迎櫬宣傳列車于5月21日到達北京，第二天在北京社稷壇舉行迎櫬宣傳大會，隨后在西山碧云寺舉行孫中山遺體易棺儀式。將孫中山衣物以及換下來的楠木棺封入西山碧云寺石塔，作為衣冠冢。

　　5月26日凌晨1時，孫中山靈櫬移出碧云寺，在30多萬人的護送下，步行近15個小時，兩次鳴禮炮101響，靈櫬所到之處，民眾自動脫帽，肅立致敬。從上午7時到下午5時，全市所有工廠每10分鐘長鳴一次汽笛，表達對孫中山的敬意。下午3點15分，靈櫬到達前門東車站，移上靈車，5時從前門火車站啟程南下。宋慶齡、孫科和林森等迎櫬專員也隨車南下。

　　林森還為孫中山的易棺、移靈、起靈三項工作專門撰寫文章三篇。

　　28日，靈櫬到達南京。隨后在國民黨中央黨部舉行了3天的公祭活動，林森參加守靈。31日下午6點舉行了封棺典禮。

　　6月1日，奉安大典隆重舉行，林森參加執紼步行護靈上山。南京全市萬人空巷，參加葬禮。當靈櫬奉安進入墓穴時，鳴禮炮101響，民眾一律停止工作，默哀3分鐘，向孫中山表示崇高敬意。

　　拾　遺

　　奉安大典結束后，總理葬事籌委會撤銷，代之以總理陵園管理委員會，由蔣介石、胡漢民、蔡元培、于右任、林森、宋子文、孔祥熙等為委員。林森還擔任常務委員兼總理陵園園林設計委員會主任委員，繼續致力于中山陵后期工程建設。即使他擔任國府主席后，也依然關注著陵園的建設，事無巨細都親自過問。中山陵中的藏經樓(今已成為孫中山紀念館)、音樂臺、仰止亭、流徽榭等附屬建筑，都凝聚著他的心血。本來，他與園林設計委員會的專家還擬定了一個宏偉的規劃，還要在陵園內建造博物館、圖書館、紀念塔、紀念館、運動場、藝術館、動物園、植物園、山南山北公園等等，要把陵園建成全國自然公園的模范。由于經費緊張，加上戰亂，因此這些規劃未能成為現實。